Há poucos dias estava tendo problemas em encontrar uma aplicação de modelagem de dados que realmente funcionasse no Linux. Tentei o DBDesigner, ArgoUML e vários outros que não funcionaram. Até que procurando no Google (lóoooogico), encontrei um plugin para o Eclipse que me surpreendeu. Chama-se Azzurri Clay e oferece uma interface para modelagem de dados muito rica em detalhes e mesmo assim não é tão difícil de utilizar.
O Clay está disponível para download em http://www.azzurri.jp/en/software/clay/index.jsp, ou você pode instalar diretamente pelo Eclipse cadastrando a URL: http://www.azzurri.co.jp/eclipse/plugins na seção Find and Install.
Eu estou utilizando o Clay há pelo menos 2 semanas e até agora não tive nenhum problema, inclusive consegui criar bancos de dados inteiros no SQL Server diretamente dele
Acredito que seja um plugin muito útil para quem modela bases, só capriche na memória do seu micro pois aki só o Eclipse com os plugins instalados está consumindo mais de 300Mb de Ram.